先天性脊髓空洞症開刀的方法為後顱窩減壓及小腦扁桃體切除，來重建正常腦脊髓液的循環。而後天性脊髓空洞症開刀的方法是去除造成脊髓空洞症的原因，如腫瘤、沾黏、感染或脊椎側彎等問題，並適當的神經減壓，以達到重建正常腦脊髓液的循環。
術後恢復程度視患者的年齡、體質及術前神經損傷嚴重程度而定。大致而言若是只是影響感覺神經的損傷，如疼痛、麻木、冷熱等，手術及藥物治療可達80%的成效。若是已造成肌肉萎縮，或大小便障礙，手術及藥物只能達50%的成效，更需要配合長期的復健治療。
至於術後是否一勞永逸，不再復發，端視病情的嚴重程度及發生時間的長短而定，若採傳統裝引流管手術，近60%會復發，因為引流管管徑小，易被組織沾黏而造成引流功能不佳。若採減壓及重建腦脊髓液循環的手術方式，近10年的研究結果，只有8~10％的比例復發。
復發常見的原因通常是感染後引發的脊髓空洞症，常見為肺結核感染造成結果，另一類為蟹足腫體質的患者，易造成術後嚴重的軟組織增生而再次沾黏神經。